耶稣会是天主教的著名的修会。1535年8月15日由西班牙罗耀拉·依纳爵( Ignace de Loyola )为应对宗教改革而成立，并获得罗马教廷教宗的许可。耶稣会最主要的任务是教育与传教，在欧洲兴办许多大学，培养出的学生除是宣教士外，也有活跃政界、文化界、科学界的精英。耶稣会积极向海外宣教，宣教士遍及中国、日本、印度和美洲等地，为世界各地的文化交流贡献巨大。

耶稣会成立之初，圣依纳爵的挚友，被称为东亚宗徒的方济各·沙勿略（François Xavier ）就到了印度，此后又到日本宣教。沙勿略在印度组织一个赴中国宣教的使团，准备进入中国传教。在商人朋友的帮助下，他很快组织了一个赴中国的使团。1552年4月，他离开印度果阿，8月，沙勿略乘“圣十字”号抵达距广州30海里的上川岛。正当他准备进入内地时，不幸染上疟疾，由于缺乏医药，不久便去世了，年仅46岁。

 就在这一年，利玛窦诞生，三十年后的1583年，利玛窦到达广东，在中国南方辗转度过十八年后，终于在1601年进入北京，之后的十年，利玛窦以其精湛的数学和天文知识，和对中国经典的通晓，在中国的知识分子中树立了良好的形象，当时著名的学者徐光启等人受其影响成为天主教徒。利玛窦是最早向中国介绍西方科学知识的西方人，促进了中国科技的发展，为中西的文明交流作出巨大贡献。

1644年满清入关，满清皇帝继续重用西方传教士。汤若望、南怀仁等人相继出任钦天监正，汤若望修订的《时宪历》沿用至今。清初，全国信徒已达27万。 雍正时期，朝廷改变了宗教政策，在全国查禁天主教，迫害教徒和传教士，但在宫廷里却留用一批耶稣会士，担任御用的学者和艺术家。著名的有意大利籍画家郎世宁(Brother Giuseppe Castiglione S.J.)，和负责制作地图的蒋友仁神父（Fr. Michel Benoist S.J.）。

17世纪后期，耶稣会传教士成为西方人了解中国的最高权威。1762年，法国颁布了解散耶稣会的命令。1773年7月，教廷宣布解散耶稣会。从明末到清初190年，耶稣会总共有472名宣教士在中国宣教。

耶稣会直到1814又重新恢复。1842年7月11日，三位法国籍的耶稣会士南格禄(Fr. Claude Gotteland S.J.)、 李秀芳( (Benjamin Brueyre, S.J.)与艾方济(Francois Esteve S.J.)重返中国，1847年在上海徐家汇正式建立宣教中心，包括几所修道院、孤儿院、天文台、土山湾印书馆、气象台、博物院、藏书楼以及男女中学等。徐家汇圣依纳爵堂至今留存，作为上海教区的主教座堂耶稣会以徐家汇为中心，逐渐将天主教传遍教廷委托其负责的江南代牧区（江苏、安徽两省）。

1856年，耶稣会开始负责新成立的直隶东南代牧区，主教座堂最初位于威县赵家庄，不久迁移到献县张家庄，建造了华北著名的大教堂献县张庄耶稣圣心主教座堂和规模庞大的教会建筑群，是耶稣会继上海之后形成的第二个在华传教中心。  

尽管在1900年的义和团事变中，直隶东南代牧区受到重创，5万多名教友中有5000多人丧生，其中有3000多名都是7月20日在景州朱家河同日被杀。不过战后直隶（河北）的天主教徒增长的速度更加迅速。1925年以前，在中国的2所天主教大学均为耶稣会创办。1903年在上海创立震旦大学（今复旦大学），1922年创立天津工商学院。

1931年，美国加州耶稣会士到达中国，在上海创办金科中学，在南京创办弘光中学。1949年由上海教区分出的扬州监牧区也由美国耶稣会神父负责。1950年，共有913名耶稣会士在中国传教，占全世界（4650人）的1／5。他们在中国负责河北、江苏（含上海）、安徽3省的10个教区，五百多座教堂。  

1952年，中国大陆政府驱逐外籍宣教士，耶稣会士再度被驱离中国大陆，修会被迫迁移至香港与台湾。 1960年在天主教中国主教团、圣言会及耶稣会合作之下，辅仁大学于台北县新庄市复校，成为全球十四所天主教大学之一。除了辅仁大学之外，耶稣会在台湾各地也开办了台北县徐汇高中与新竹县内思高工两所学校。此外，著名的媒体机关光启社，以及台北市公馆的耕莘文教院也是耶稣会在台湾的分支机构。