一五二五年十月，方济各沙勿略就开始在巴黎大学攻读哲学。他离乡背井寄居异土，并不是愿欲相长兄似的在军队中建功勋立伟业流名后世，他却要作个博学人。
他读书的环境不好得很。外教主义戴着古学的假面具从书籍中演到人的品性上，誓反教义也以神学为影响浸入人的脑海。
方济各若在此环境，失掉心灵的光泽，是何等不幸呀！洁净的他，同朋友们周施往来，要落到什么地步呢？这真能使他的母亲放心不下。为陶成他的心灵天意人事协力合作，他在家庭中，受了祈祷善表的滋润，也遭了患难的磋磨。方济各几乎从小就为胞兄们的性命担忧，─他们有争战的危险，又被嘉禄第五判决死刑，幸赖天主特别助佑，才得脱危出险。─他又遭了丧父的不幸，尝着了失亲的酸苦；眼见本家失败，堡壘庄园被家毁得五零十散；亲耳听见粗野的仆役，辱骂主人翁的落魄失败。以上一切并纳瓦 庄严环境都使他心灵慎重，感觉精密，志趣高尚，品性纯洁。天主的杰作，母亲眼泪，清洁的沙勿略眼看就要堕落到涂炭中了！
沙勿略在印度时曾亲自向一位收他住的司铎述说，自己在那卑下的环境中很有品行堕落的危险。校友教师统统一样，都是些放纵情欲荒淫过度的人，他们还勉强自己加入他们的夜游团。若说他未曾丢掉领洗所得圣宠的缘故，并不是超性的观念约束他，也不是记忆他那圣善的母亲，也不是为保存自己的人格。但是因为亲眼看见那些可怜的窗友另外他们的教师心身污秽不堪，怕蹈他们的故辙就完了。
那时节从撒瓦来了个新学友与沙勿略同居一室，因为本大学是数生同居一室。这位新生并不付学费，他幼稚时代，曾在亚尔伯山坡上度过牧羊的生活，为人严重，谨慎，谦和，几乎有些腼腆。他不是别人就是伯多禄法伯尔。法伯尔及方济各两人一同工作互相帮助。方济各容色高尚，法伯尔面貌和悦地。攻读完了一个学题，就彼此谈一会话。法伯尔闲暇时晋接往来非常甘饴和顺，友谊从此产生，还使那贵家子弟与这乡村牧儿永不相离。
这乡村牧儿使那贵家子弟受了影响，他那满面的洁光令人不能抵御，别人都受了他那情趣的影响。沙勹勿略受的影响最大。这情趣把他救护住了，辞谢可疑的伙伴，断绝危险的夜游，法伯尔的友谊护守天神似的保护了沙勿略。
虽说如此当时沙勿略的生活还不尽善尽美。世俗姿式还活泼得很。实在他读书的动机是奢望。以后不久自命为“判普罗纳教区的神职人员”所以至少领受了剪发礼。他的计划想必也很伟大：先考哲学博士，然后再考神学博士，也许想在大学中当教师。来自各方的生徒拍掌叫好。把自己的名誉观念带回祖国。名誉既然稳定，远处的会议司铎高兴拣选他作总主教！这原是可能的，也是很可信的。他既秉赋优秀将来不难当个荣耀的尊长。
沙勿略大概是这样梦想。
一五二九年十月一日校长又往法伯尔方济各同住的屋中打发了一位学生去，还托沙勿略引导他读哲学。沙勿略嫌这使命，与自己的心意不甚相合，就推给法伯尔。沙勿略一见这个新来的学生，复杂的反感可想而知了。这个年已三十八岁的古怪学生，在沙勿略的心灵上不能不发生过度的不快情感。谁也知道裁判所曾管教过他，在异端弥漫天空的时期内，名声又极恶劣。再一说又拐又瘸年近四十岁的老人，早已秃顶的他，同那伶俐的沙勿略在一齐生活，实在有些可笑。使沙勿略远离这新生的缘故不但是嫌那人热心无度不加节制，还怕另外是本家的回忆哩！他晓得八年以前，判普罗纳之战，这个老年学生还作耀武扬威的军长，反对纳瓦尔独立，攻击抵御自己的两位胞兄。他腿瘸的残伤就是那时留下的记念品。方济各沙勿略依纳爵乐耀辣两人，怎么能彼此讨交情呢？
依纳爵自从八年以来，就把世俗听梦想完全置诸脑后了，他往巴黎去读书，是为准备担任天主要他办的事业，还召聚同志协力合作。始终具有军士心胸的他，愿欲使这小小的军队发达兴旺为愈显主荣尽义务。他那锐利的眼光，已看透了沙勿略的心灵，就想得他。至于沙勿略的傲慢，激烈，野心，都不能使昔日的军长懦惧。若用来为奉事天主，这都是很贵的长处。但为得他的心，必须用明智费时间。依纳爵晓得为获得人心如同攻打城池一样，于是就开始包围沙勿略的心灵。
起初依纳爵沙勿略彼此来往不多，只是说几句笑话，依纳爵说几句轻看脱离世俗的话时，沙勿略耸耸肩膀发显蔑视就完了。沙勿略还往家里写信要自己贵显的证书，那里懂这样的话呢？大概学友们见他那样贫乏，读书生活又那样困难，对于他的贵族职衔有此怀疑。
依纳爵就从这贫困的门户进攻。
他也穷得利害，为有限的学费，还得在暑假期内去化布施，他设法借给囊空如洗的沙勿略银钱花。沙勿略虽自负得很中，却也受下了：反正不能不生活！以后遇有适当机会依纳爵就用圣经上的话开导他说：“人就是得了普天下，失了自己的灵魂为他有什么益处？”虽说如此依纳爵还是从沙勿略的弱点著手：称赞他的学问，夸奖他的才能，给他招集生徒，亲自引见。
沙勿略的心思渐渐改变了，以前的梦想都冰消瓦解了。开始晓得依纳爵并不是个热狂，实在是个爱主度生的圣人，依纳爵真能说“人就是得了普天下失了自己的灵魂为他有什么益处”那句话：他正在当年，建大功树伟业，希望无限的时节，投剑离伍了。看来生命的真理就在那时哩！
依纳爵觉得圣经上的那句话正在变化野心无限的沙勿略，但是最后的胜利迫急得很，因为那时有别的危险来攻击，贾尔文就在近暗里鼓励，被他煽惑住的高博人了本大学。品行的危险以后就是信德的危险，沙勿略虽是哲学硕士，却不是神学博士，对于朋友们传播的誓反教义并没有理会。幸有依纳爵给他指破迷津，才得安然脱险。这一次沙勿略又被圣善的朋友救护住了。
虽说如此依纳爵还不曾达到目的。还当使他脱离渴望的荣耀哩！依纳爵祈祷克苦为能完成此事，他们在一齐读书已有四年的时光，从法伯尔暂且返回撒瓦，天天晋接周旋也有七个月了。一五三三年上的一天依纳爵报复他那判普罗纳的失败。这次沙勿略被依纳爵打败了，被天主打败了。“为人有什么用”的话也懂清了。沙勿略呀！就是当个著名的博士，荣耀的总主教，若失落了永福的天堂，为他有什么益处呢？一死就都“空空如也”了。不论多么体面的人物，也免不了作蛆囊虫袋，灵魂还得给天主严格地述职，虚体面假光荣有什么用处呢？但是尽量地爱慕天主是人生的惟一论理。“天主呀我爱你”于是成了他将来的格言。
沙勿略把以前的野心奢望用来使众人都归向耶稣基多，他的传信事业就要从此开始了。
依纳爵先前是他的徒弟，以后成了他的神师，很晓得超性功作的密秘。一有闲暇的时候，就使他在“情感的学校”里肄业，一五三四年九月间使他举行了一个月的神操。沙勿略自从慷慨大方地举行了大避静，与天主亲密，永不相离。同天主结合就是他的万有。这结合是他劳苦中的休养，饥渴时的饮食，患难中的慰藉，意外工作的神光。以后前往威尼斯罗马等处，领受了铎品，欢欣踊跃地开始施行圣事。葡王若望第三请依纳爵遣发六位会士往印度去传教，依纳爵只能遗派罗得利盖，保巴第辣两位前去，后因保巴第辣重病在身不能起程，依纳爵就把沙勿略叫来向他说：“教师方济各呀！你晓得按教宗的圣意，我们本会的两位神父应当往印度去传教，我们拣选了教师保巴第辣，只因他重病在身不能起程，你就代替他去吧！”沙勿略得着自己奢望的对象，欢欣踊跃地答说：“好吧！我这就动身前去！”
沙勿略于一五四一年四月七日从里斯本Lisbonne搭船放洋，奇妙的生活也从此开始了。船在海里走了一年一个月，在停泊处耽搁了很大的工夫，又有四十天的风平浪静寸步不能前进，沙勿略就利用这时间来讲道理，听神工。平常妓楼似的船只，那时简直成了个避静院。沙勿略白日帮助别人，夜间对越天主。他虽是贵家子弟却肯同那令人生厌贱民往来晋接。他虽是白面书生却不辞在炎日之下服事病人，他那司铎的心灵觉有常常宣讲的热烈精神。
最后舶到果阿，沙勿略这可到了自己切望的地点，他先在那里设法改良葡国人的风化品行，随后在印度南部东奔西走，南来北往地宣讲福音，在马刺甲并麾鹿加群岛上逗留了三年。最后到了他亲爱的日本，沙勿略游行日本各大城，宣传圣教，这是他最好的传教喜乐。以后返回果阿，在那里准备一切，以便将来得入中国内地。可惜素愿未满，就在三川岛上孤苦零丁地去了世。共计传教不过十年。
这十年内备尝辛苦。例如神工圣业，讲道理，付圣洗，听神工，照顾病人。学习各处的方言，同各处居民谈话，用方言繙译要理，及常 用的经文。有时受了无限辛苦，还得不到 半点成效。教宗钦使兼鳊省长的他，还得管理传教区，同葡国人，本地小王，并阴险的僧徒们长久地辩论。陆地海上的旅行继续不断。住在破船的下层！以上各节满够好些人办理的，沙勿略办这些事不过用了全副精神的一半，那一半为对越天主用了。
他先履行司铎祈祷的职务，南来北往时为奉行弥撒圣祭，从中停止行程。杜思礼Tursellini说得好：“别人年着他坚信，却是亲眼瞻望在圣事内的那一位，他终身未失举行首祭的热心与快慰。”除了圣祭以外，还念大日课。他既是宗座钦使能以宽免自己。他用此权柄来宽免别人，却不用来宽免自己，连在很忙的时节也不宽免。大日课是圣教会与耶稣基多为救赎世人连合起来的祈祷。他于是把日课本轻轻地展开，先念“伏求圣神降临”这就足够使他爱情泼发，泪流如注的了。他念经文各式的时节缓慢得很，一念礼仪的经文就心旷神怡，真是依纳爵的肖子！那时先后相差不久依纳爵在罗马因为念大日课举行祭时流泪过多，很有失明的危险，应当宽免他不念日课。沙勿略尽完司铎的职务，念完了大日课，还是长夜祈祷。幸亏有些多事好奇的葡萄牙人，从墙隙窥见了圣人，给我们述说了他的行径。他们见他双膝跪地，两手合并，或向天举起。有时把头放在石头上略略休息片刻，随后就又祈祷。他在果阿时住在一产间离堂很近的小屋里。晚上连更深夜静了还在圣体前祈祷。黎明时躺在祭台阶上休息片刻。
这真可称为沙勿略正式祈祷的时刻，但是天主圣神年顾人，愿意几时来，就几时来。沙勿略在冰天雪地的日本，烈日当空的印度传教时，奔走不暇，口中呼号说：“吁至圣圣三呀！吁耶稣基多呀！”就此充满圣神，神魂超拔了。他心中的爱火炎热得很，必须把衣裳解开使凉气来调和，或用水来浸湿才行。几时充满神乐不能支持了，就向天主求情说：“主呀！够了够了！”他在罗马时，梦中窥见将来传教的辛苦，曾向天主说过的话完全相反。他那时说：“主呀！再多些吧！再多些吧！”这两句话连合起来彼此调和，也可以解释沙勿略生活的连续神妙，因着专务默观成了宗徒。
死也就来到了。在他渴望劝化的中国对面，因为爱天主受辛苦的缘故，年才四十六岁，就卧病不起了。身患疟疾冷得利害，眼看要死的他，躺在冷风洞穿的茅屋里，十年以前梦想的庄严华丽的总主教府在那里呢？可是他手中有自己的苦像就心满意足了。单有华籍安多尼同他作伴凄凉得很。安多尼曾说沙勿略于临终末刻说了一种话，自己一些不懂，十有八九是他本地的方言。以后又说拉丁话。他以前无数的临终那时为自己临祈求，大概他念了临终经，及圣人列品祷文，我想他按着心爱的老习惯，在圣人祷文中加添了两个诵句：“伯多禄法伯尔的真福灵魂，为我祈求吧！—还生存在世的—依纳爵我的真正父亲呀！为我祈祷吧！”随后重说自己的格言道：“天主呀！我爱祢。吁至圣圣三呀！”
就此气绝身死，在天堂上得与法伯尔聚首同居，等候四年以后要去世的依纳爵。
