利玛窦早年先往印度传教，直至1582年来到澳门，开始研习汉语和儒家文化。初时二人自称来自天竺，又穿佛袍，令当时的中国人以为两人是佛教徒，并自取中文名，开始赢得士人信任。

利玛窦在1601年获邀进京，同年获当时万历皇帝（明神宗）准许长居北京。他凭丰富天文地理学识获得皇帝和士大夫的敬重，更吸引徐光启、李之藻和杨廷筠等部份明朝官员改信天主教。利玛窦与这些官员合作，翻译西方宗教和科学著作，现中文常用的许多基础科学词汇都是他们创造和沿用至今。他还制作《坤舆万国全图》，是中国史上首幅世界地图。

利玛窦在1610年积劳成疾病逝，在明朝官员协助争取下，无须按惯例葬回澳门，获御准葬于门外二里沟的滕公栅栏。

“敬孔”式传教 支持祭祖行为

综观利玛窦在华传教一生，最受后世争议的莫过于其“利玛窦规矩”，即融合天主教教义与中土儒家传统的宣教方式。一是关乎“名称”，即将“天主”与中国经典内的“上帝”和“天”相附合，可通用；二是关乎“敬孔”，即将中国士人尊崇孔子视为敬谢伟人之举，并非迷信；三是关乎“祭祖”，即反对将祭天祭祖行为视作宗教仪式，认为那只是社会追思先人及教化在世者遵从孝道的举动，亦非迷信。

不过利玛窦死后，这些规矩即出现争议，例如其指定继任人龙华民（Nicolas Longlbardi）不同意用“天”和“上帝”代指天主。另外，清朝康熙年间道明会（Dominican Order）为排挤耶稣会教士，向梵蒂冈告状指其违反天主教教义，最终教宗克勉十一世下谕禁止信众祭祖，结果触怒康熙皇帝，自此天主教会一直被打压，直至1939年，梵蒂冈才承认这是世俗性活动，决定撤消禁令。